האחים מבצעים את הטכניקה האלכימית האסורה של התמרה אנושית במטרה להחיות אותה כאשר טרישה מתה מהמגפה. כתוצאה מכך, ההחלפה חוזרת לאחור ובחוק בהחלפה שווה, רגל שמאל וכל גופו של אלפונס אדוארד נהרסים. אדוארד מאבד את זרועו הימנית כדי להציל את נשמתו של אלפונס, ומחייב אותה עם חותם דם לחליפת שריון. רוי מוסטנג מזמין את אדוארד להפוך לשיטה להחזרת גופתו של אלפונס שתחקר על ידי אלכימאי ממלכתי. אדוארד מנצח, והפך לשם על פי איברי המוצא התותבים שלו, האלכימאי פולמטאל.
שלוש שנים ואילך, אלריקס מחפשים אחר אבן הפילוסוף האגדית כדי לממש את מטרותיהם. מרוקה שולח את הערותיו שיימצאו על ידם, אולם הם לומדים את הגורם החיוני באמת להקרנת האבן. חברו של מוסטנג, מיי יוז, ממשיך את מחקריו, אך נורה למוות בקנאה מוסווה למציאת האסטרטגיות של ההומונקולי.
כשראו את איזומי, למדו אלריקס התמרה אנושית על ילדה שנולד מת. בצע ההומונקולוס הנוכל לוכד את אלפונס, אך הוא נשמר על ידי נשיא אמסטרס, קינג בראדלי, והוכיח שהוא מתפקד כזעם ההומונקולוס. תאוות בצע נמסת על ידי ונספגת מחדש בתוך האב היוצר של ההומונקולי. ווינרי והאלריקס חוזרים לסנטרל סיטי כדי לנסוע עם יוז אך לומדים על פטירתו. סגן מריה רוס ממוסגר לרצח יוז, אך ככל הנראה נהרג על ידי מוסטנג. עם זאת, אדוארד נודע כי עזיבתו של רוס הועברה על מנת שתוכל להבריח אותה על ידי מוסטנג מארצות הברית לצ'ינג, בעזרת הנסיך הקסינגי לינג יאו. הוהנהיים מתאחד עם אדוארד אך מתעב אותו על היעדרותו הארוכה בבית המגורים.
ככל שהנרטיב מתקדם, ההומונקולי נתקלים על ידי הגיבורים שוב ושוב. מוסטנג הורג תאווה; מוסטנג ולינג לוכד את גרגרנות, אולם בסופו של דבר הוא צורך את הקנאה בבטלו, ואדוארד, בטן דמוי לינג. גרגרנות לוקח את אלפונס לפגוש את אבא, אך לינג הופך ימינה להומונקולוס, במיוחד האווטאר החדש ביותר של חמדנות, כאשר האחרים בורחים מבטן הזלילה. ה- Elrics משוחררים להמשיך במרדפם בתנאי שאבא לא יתנגד להם.
באיתור מנהרה תת קרקעית מתחת לבריגס, מצא הגנרל אוליבייה ארמסטרונג את אבא והאלריקס יצר קבוצת טרנספורמציה לאומית ומתכוון לתת לאזרחיה כדי שיוכל לעלות לאלילות. חמדנות מתאוששת מסגירה את זיכרונותיו של האב ואת האני הקודם שלו, מתחברים עם אחרי ואדוארד, אנשי הכימרה של קימבל הוהנהיים. הוהנהיים מגלה לבניו באופן אינדיבידואלי שהוא אינו בן תמותה, והפך ימינה לאבן פילוסוף חיה מאת אביו בארבע מאות שנים אחורה.
יום ההבטחה מגיע ואבא מתכונן להתחיל את האסטרטגיה שלו עם ליקוי חמה ואת אלה שניסו התמרה אנושית כקורבנותיו חיוניים. הגיבורים השונים מתנגשים עם חבריו של אבא, כאשר כל הומונקולי פג. בעקבות מוסטנג מאולץ וכן אלריקס, איזומי והוהנהיים נאספים כגורמים שאבא מפעיל את התמורה הלאומית. אף על פי כן, סקאר והוהנהיים מפעילים את אמסטרנים כדי להינצל על ידי אמצעי נגד. חמדנות נהרסת על ידי אבא, אם כי אבא ניצב מעל פני האדמה, שם הגיבורים נלחמים בו כדי להפיל את אבן הפילוסוף שלו.
אלפונס, שהשריון שלו כליל נהרס דרך הסכסוך האחרון נגד האב, נותן את רוחו להחזיר את הזרוע הימנית, שבתורו הורסת את אבן האב, ומחזירה אותו לשער האמת האתרי של אדוארד. אדוארד מאבד מכוחו לעשות אלכימיה כדי להחלים את הנפש ואת גופו של אלפונס. הוהנהיים רואה את הקבר שבו הוא נפטר כשהוא מחייך מגרישה.
